單分子技術(Single-Molecule Techniques)簡介

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單分子技術(Single-Molecule Techniques)簡介
國立臺灣大學分子細胞生物學所吳克韓碩士

單分子技術的特色在於個別分子的觀察。舉例來說,在傳統分生實驗中,觀察濃度 $$1~mM$$ 的樣品,$$1~ml$$ 的反應體積中就有多達 $$10^{12}$$ 個分子,所以得到的,是多個分子均值的觀察結果。

事實上,每個分子的表現都有所差異(尤其在一些快速的反應步驟或微小族群的表現),而這些差異,若是透過傳統分生技術觀察就會被掩蓋。另外,更重要的是,單分子技術可以“操縱”分子。舉例來說,依條件所需對分子施加不同的作用力,在不同的受力下分子會表現出不同的特質。利用這樣的方式,可以觀察到分子更多細微的表現。

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光鉗實驗設計示意圖:黑色線條的RNA分子,固定於兩顆奈米珠之間,奈米珠分別由微管及雷射固定。
實驗過程移動雷射位置改變兩奈米珠間的距離,進而拉扯RNA的結構。
(來源:吳克韓。用單分子技術研究核醣體對訊息核醣核酸二級結構的影響。
國立臺灣大學生命科學院分子與細胞生物學研究所碩士論文)

單分子技術在實驗方法上可以分為兩大類:一種是對分子施加外力,像是光鉗(optical tweezers)、磁鉗(magnetic tweezers)和原子力顯微鏡(atomic force microscopy)。其中光鉗的做法,是利用磁珠分別修飾於待測分子之上,再以雷射光去移動兩磁珠間的位置,磁珠距離的改變,進而拉扯分子達到施力的效果;另一種是利用螢光標記待測分子使其發光成像,此種種類較多,包括共軛焦顯微鏡(confocal fluorescence microscope)、全反射螢光顯微鏡(total internal reflection fluorescence,TIRF)和螢光共振能量轉移技術(fluorescence resonance energy transfer,FRET)等等。

單分子技術目前已被廣泛應用在生命科學領域,像是在蛋白質表現和分子間交互作用的相關研究,都可發現其身影。而依照應用的對象,單分子技術可以大致分為兩類:第一類是馬達蛋白(motor protein)的移動和行為表現。例如,核醣核酸聚合酶(DNA/RNA polymerase)利用核苷酸生成核酸,解旋酶(helicase)解開雙股DNA,細胞骨架(cytoskeleton)的行為等等。第二類是觀察蛋白質和核酸二三級結構的摺疊情形。另外,單分子技術也可以結合傳統的分生技術(像是pull-down assays, microarrays等等),進一步得到更多的資訊。

參考文獻:

  • Bustamante, C. (2008). In singulo biochemistry: when less is more. Annu Rev Biochem, 77, 45-50.
  • Neuman, K. C. and A. Nagy (2008). Single-molecule force spectroscopy: optical tweezers, magnetic tweezers and atomic force microscopy. Nat Methods, 5(6), 491-505.

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