分類學原理

Alu序列、種化、親緣關係樹

如何看懂一棵生命樹

如何看懂一棵生命樹 (How to Read a Phylogenetic tree)
國立臺灣大學生態學與演化生物學研究所碩士生 許翠庭

達爾文在 1837 年畫下一幅改寫歷史的第一棵生命樹(圖一)。達爾文用所繪的生命樹來協助他闡述物種的演化,後世的學者也開始用樹狀圖來描述物種之間的關係,有些描述的是物種之間在演化史上的親緣關係,這類樹狀圖稱為親緣關係樹 (Phylogenetic tree)。學過基礎生物學的人想必對親緣關係樹這樣的圖形不陌生,但這個樹狀圖形究竟代表了什麼意涵呢?基本上,親緣關係樹反映了當下所知的真實的演化歷史。

種系發生(Phylogenesis)

種系發生(Phylogenesis)
國立臺灣師範大學生命科學系何懿洲博士生

由於演化是十分漫長的過程,這也是研究種系發生的最大困難處,以現代科技來說種系發生無法直接通過觀察和實驗來驗證,現階段都以間接證據佐證為主。因此種系發生的研究並非是採用單一研究法而是綜合各領域研究證據而形成。目前研究種系發生是利用形態學和分子生物學兩種模式。

易受害物種(Vulnerable species)

易受害物種(Vulnerable species)
國立臺灣師範大學生命科學系碩士生 蔡翠菱

世界自然保育聯盟(IUCN)所頒布的世界自然保育聯盟瀕危物種紅皮書中,根據其瀕危程度將物種分別列入九個級別:絕滅(EX,extinct),野外絕滅(EW,extinct in the wild),極危(CR,critically endangered),瀕危(EN,endangered),易危(VU,vulnerable),近危(NT,near threatened),無危(LC,least concern),數據缺乏(DD,data deficient),未評估(NE,not evaluated)。而其中又將極危(CR)、瀕危(EN)及易危(VU)此三大類列為受威脅(threatened)的種類。

【生物科教學尋疑團隊工作坊】支序分類學(Cladograms or cladistic classifications)

【生物科教學尋疑團隊工作坊】支序分類學(Cladograms or cladistic classifications)
新竹高中生物科許家榕代理老師/長庚大學生命醫學系周成功教授責任編輯

2010/12/06 第3次研習活動–學科內容整理2
主題:演化及生物多樣性–生命樹

支序分類學簡介

支序分類學(Cladograms or cladistic classifications)又稱親緣分支分類學,是一種將生物分類成群,每一群就是一「支(clade)」,就是演化樹(生命樹)上的一個分支(branch)。有別於其他分類系統,支序分類目的在於反映出共同祖先的相對接近程度或同源特徵的共有性。此一相對客觀的分類學起源於德國昆蟲學家Willi Hennig,也命名為「phylogenetic systematics」。

【生物科教學尋疑團隊工作坊】種(Species)的定義

【生物科教學尋疑團隊工作坊】種(Species)的定義
國立新竹高級中學生物科盛維安實習老師/長庚大學生命醫學系周成功教授責任編輯

2010/12/06 第3次研習活動–學科內容整理1
主題:演化及生物多樣性–生命樹

生物分類上如何定義「物種(species)」是一件充滿爭議的事。隨著研究對象和方法的不同,物種的定義有時並非一體適用,而必須要做一些修正。但是物種這個觀念,在探討生物演化或是研究親緣関係上是一個重要的依憑。所以先依提出的年代,簡單說明物種這個概念的歷史演變:

生物種概念

生物種概念 (Species)
臺北縣崇光女子高級中學生物科陳昱儒實習老師/國立臺灣師範大學生命科學系張永達副教授責任編輯

不論對於大人或小孩,長頸鹿都是大家所熟知且喜愛的野生動物。長頸鹿在動物學上的分類,一直以來都被認為是一個物種 (Species),其下由毛皮斑紋與分布範圍再區分為九個亞種(Subspecies),在國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書中列為「低危」物種。

然而根據美國加州大學洛杉磯分校生態與演化生物學系教授布朗領導的團隊針對粒線體DNA與基因座的研究,發現到長頸鹿可分為六種不同的物種,這項新發現將影響到我們對於長頸鹿保育的策略。

親緣關係樹(Phylogenetic Tree)

親緣關係樹(Phylogenetic Tree)
台北市忠孝國民中學自然領域張馨文實習老師/國立台灣師範大學生命科學系李冠群助理教授責任編輯

生物學家對於了解古今生物間的關係一直都保持高度興趣,而博物學家達爾文所提出的演化論是目前較為大多數人所接受的理論。目前生物的五界中原核生物界往原生生物界、真菌生物界、植物界、動物界,顯示生物在這個過程中,是由簡單往複雜的結構以持續且極緩慢的速度進行著。達爾文的天擇說理論內容提到,首先生物個體之間存在著性狀差異,當物種過度繁殖時,為了生存及延續後代,生物間必須競爭食物、生活空間及繁殖機會,而競爭的結果,只有能適應環境的個體才能生存下來,不能適應環境的個體就會遭到淘汰。

所以很多人都以為留存下來的後代都是「適者」,但目前的現代演化理論已經修正為後代也可能只是「幸運者 」。

演化史上的遺傳標記-Alu序列(Genetic Marker)

演化史上的遺傳標記-Alu序列(Genetic Marker)
台北市忠孝國民中學自然領域張馨文實習老師/國立台灣師範大學生命科學系李冠群助理教授責任編輯

遺傳學家依賴DNA鹼基對序列的變異,判定物種間的親近程度,而DNA上微小的序列差異,導致蛋白質產物的差異,影響生物體的身體構成和執行生化反應,被稱為多型性(polymorphism)。

事實上,許多基因變異是中性的,並不直接影響生物的外表特徵,但是有些基因變異會造成同種生物間的性狀差異或是導致遺傳疾病的發生。

不同的遺傳多型性在世界各地出現的頻率不同,所以科學家藉由分析基因出現頻率或是差異,將人類依照發源的地理範圍作區辨。